Organami Ogólnopolskiego Porozumienia Związków Zawodowych są: Kongres, Rada, Prezydium 

oraz Komisja Rewizyjna

Kadencja organów OPZZ trwa pięć lat. Najwyższym organem stanowiącym OPZZ jest Kongres. Do jego kompetencji należy m.in. określanie programu OPZZ, wybór przewodniczącego OPZZ oraz Komisji Rewizyjnej. Kongres odpowiedzialny jest również za przyjmowanie sprawozdań z działalności Rady i Komisji Rewizyjnej za okres kadencji oraz udzielanie absolutorium Prezydium.

Rada jest naczelnym organem stanowiącym OPZZ

Do jej kompetencji należy m.in. określanie głównych kierunków działania OPZZ w okresie kadencji, podejmowanie uchwał w sprawach przystąpienia OPZZ do krajowych lub międzynarodowych zrzeszeń związkowych albo innych organizacji oraz wystąpienia OPZZ z tych zrzeszeń albo organizacji, dokonywanie wykładni Statutu , uchwalanie regulaminu pracy Rady.

Prezydium to organ stanowiący oraz wykonawczy OPZZ

Do jego kompetencji należy podejmowanie uchwał i decyzji we wszystkich sprawach nie zastrzeżonych Statutem do kompetencji innego organu OPZZ. Prezydium zajmuje się m.in. przyjmowaniem stanowisk w sprawach związanych z celem i zadaniami OPZZ, podejmowaniem decyzji w sprawach sporów zbiorowych, strajków i innych form protestu, jak również współpracą z Komisją Rewizyjną oraz rozpatrywanie jej wniosków, uwag i zaleceń.

Komisja Rewizyjna to organ kontrolny OPZZ

To instancja nadrzędna dla Wojewódzkich Komisji Rewizyjnych, podległych wyłącznie Kongresowi. Do kompetencji Komisji Rewizyjnej należy m.in. kontrola merytoryczna, finansowa, gospodarcza i majątkowa działalności OPZZ, jego organów, struktur branżowych, komisji i zespołów, agend, biur, placówek naukowo-szkoleniowych i badawczych oraz innych jednostek organizacyjnych OPZZ, dokonywanie oceny działalności Rady, Prezydium, przewodniczącego OPZZ, wiceprzewodniczących OPZZ oraz przedstawianie wniosków i uwag z tej oceny do rozpatrzenia właściwemu organowi. Komisja Rewizyjna zajmuje się również kontrolą przestrzegania postanowień Statutu oraz realizacji uchwał i decyzji organów OPZZ.